وأقيم حفل ختام الأولمبياد على استاد طوكيو الأولمبي، تحت شعار "عالم نتشاركه سويا"، وذلك بدون حضور جماهير، فيما شهد الحفل تواجد كبار الشخصيات وأبرزهم الألماني توماس باخ رئيس اللجنة الأولمبية الدولية، وكذلك بعض الرياضيين الذين شاركوا في الأولمبياد.

وبدأ حفل ختام أولمبياد طوكيو بإطلاق بعض الألعاب النارية، ثم تم عزف النشيد الوطني الياباني ورفع العلم الياباني، في حضور ولي عهد اليابان الأمير أكيشينو، ودخلت بعدها أعلام كل الدول التي شاركت في الدورة.

واستضافت طوكيو دورة الألعاب الأولمبية للمرة الثانية في التاريخ بعد استضافتها للمرة الأولى عام 1964، فيما يمثل الحفل الختامي جزءا من الألعاب الأولمبية منذ انطلاقها للمرة الأولى عام 1896 بالعاصمة اليونانية أثينا.

ونجحت البعثة المصرية خلال أولمبياد طوكيو في الحصول على أكبر حصيلة ميداليات لها في تاريخ الدورات الأولمبية برصيد 6 ميداليات (ذهبية لفريال أشرف في الكاراتيه، وفضية لأحمد الجندي في الخماسي الحديث، و4 برونزيات لكل من هداية ملاك وسيف عيسى في التايكوندو، ومحمد إبراهيم "كيشو" في المصارعة، وجيانا فاروق في الكاراتيه".

وكانت مصر قد شاركت في أولمبياد طوكيو ببعثة هي الأكبر في تاريخ المشاركات المصرية الأولمبية، إذ وصل عدد اللاعبين إلى 146 لاعبا ولاعبة في 25 رياضة مختلفة.

وودعت طوكيو دورة الألعاب الأولمبية، بحفل ختام مبهر شهد عروضا فنية رائعة ولوحات مميزة، وتم رسم شعار الأولمبياد فوق أرضية ملعب طوكيو الأولمبي، باستخدام الإضاءات المبهرة، والشعار عبارة عن خمس حلقات متشابكة بأحجام متساوية، ويرمز إلى الاستمرارية، ثم تم عمل موكب خاص بكل البعثات المشاركة في الدورة. 

وقامت جيانا فاروق بطلة مصر في الكاراتيه وصاحبة الميدالية البرونزية في أولمبياد طوكيو، برفع علم مصر خلال حفل الختام، حيث تعد جيانا فاروق أول فتاة مصرية وعربية وإفريقية تحقق ميدالية في منافسات الكاراتيه في دورة الألعاب الأولمبية، ثم توجت بعدها البطلة المصرية فريال أشرف بالميدالية الذهبية في الكاراتيه أيضا كأول رياضية مصرية تحصد ذهبية في تاريخ مشاركات مصر بالدورات الأولمبية.

وكانت اللاعبة هداية ملاك بطلة التايكوندو قد رفعت علم مصر في حفل افتتاح أولمبياد طوكيو بمشاركة زميلها علاء أبو القاسم بطل السلاح.
وبعد العروض الفنية، تم رفع علم اليونان موطن الألعاب الأولمبية، وتم عزف النشيد الوطني لليونان، كما حرص توماس باخ رئيس اللجنة الأولمبية الدولية - خلال الحفل - على تكريم الفائزين في سباق الماراثون، وهم الكيني إيليود كيبتشوجي الذي حصد الميدالية الذهبية، والهولندي عبدي ناجي الذي نال الميدالية الفضية، والبلجيكي بشير عبدي الذي حصد الميدالية البرونزية.
بعد ذلك، قدم منظمو الحفل الأعضاء الجدد للجنة الأولمبية الدولية الذين تم انتخابهم رسميا اليوم الأحد، وهم 4 رياضيين كانوا قد دخلوا لجنة الرياضيين، كما تم تكريم المتطوعين الذين شاركوا في تنظيم أولمبياد طوكيو.

وفي ختام الحفل، تم عزف النشيد الأولمبي، ثم سلمت يوريكو كويكي حاكم مدينة طوكيو الراية الأولمبية لتوماس باخ رئيس اللجة الأولمبية الدولية الذي قام بدوره بتسليم الراية إلى آن هيدالجو عمدة مدينة باريس التي ستستضيف النسخة القادمة رقم 33 لدورة الألعاب الأولمبية "باريس 2024"، حيث ستكون هذه المرة الثالثة التي تحتضن فيها باريس للدورة الأولمبية بعد نسختي 1900 و1924، ثم عزف بعدها النشيد الوطني الفرنسي.. وبعدها تم تخصيص 12 دقيقة لعرض ملف باريس 2024، وفي فيديو مسجل من العاصمة الفرنسية تم رفع العلم الأولمبي على برج إيفل، ثم أعلن الرئيس الفرنسي إيمانويل ماكرون عن الشعار الخاص بأولمبياد باريس 2024.

وفي النهاية، تم إيقاف الشعلة الأولمبية تماما مع إطفاء كافة الأنوار في الملعب، وذلك يعلن رسميا انتهاء أولمبياد طوكيو 2020. 
يذكر أن الولايات المتحدة الأمريكية نجحت في تصدر جدول ترتيب الميداليات بأولمبياد طوكيو، برصيد 113 ميدالية (39 ذهبية و41 فضية و33 برونزية)، وجاءت الصين في المركز الثاني برصيد 38 ذهبية و32 فضية و18 برونزية، بمجموع 88 ميدالية، فيما احتلت اليابان المركز الثالث برصيد 58 ميدالية متنوعة (27 ذهبية و14 فضية و17 برونزية)، ثم بريطانيا التي جاءت في المركز الرابع برصيد 22 ذهبية و21 فضية و22 برونزية، فيما احتلت اللجنة الأولمبية الروسية المركز الخامس برصيد 20 ذهبية و28 فضية و23 برونزية.

وتواجدت البعثة المصرية في المركز 54 عالميا، بعد تحقيق 6 ميداليات متنوعة ( ميدالية ذهبية لفريال أشرف في الكاراتيه، وميدالية فضية لأحمد الجندي في الخماسي الحديث، و4 برونزيات لكل من هداية ملاك وسيف عيسى في التايكوندو، ومحمد إبراهيم "كيشو" في المصارعة، وجيانا فاروق في الكاراتيه )، لترفع مصر رصيدها إلى 38 ميدالية متنوعة في تاريخ مشاركاتها بدورات الألعاب الأولمبية التي بدأت بأولمبياد استوكهولم عام 1912.. لتحتل مصر في أولمبياد طوكيو المركز الثاني عربيا والرابع إفريقيا.