أسس الدكتور فوزى إسطفانوس والدكتور جودت جبرة مؤسسة "القديس مرقس لدراسات التاريخ القبطى" 1998م، ولاحقًا تم تسميتها "سان مارك لتوثيق التراث"- وحظيت برعاية مثلث الرحمات قداسة البابا شنودة الثالث، ثم رعاية ورئاسة قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية.
وذكر الموقع الرسمى للكنيسة الأرثوذكسية، أن المؤسسة تهدف إلى دراسة وتجميع ونشر وتوثيق التراث القبطى، ومساعدة الباحثين فى مجال الدراسات القبطية سواء فى مجال الآثار، أو التاريخ، أو اللغة، أو العمارة، أو تاريخ الفن.
وخلال مسيرة المؤسسة لأكثر من 20 عامًا، ساهمت بالعديد من الإصدارات المحلية والعالمية باللغتين العربية والإنجليزية، من تأليف وإعادة طبع وترجمة لحوالى 25 كتابًا.
وعلى صعيد المؤتمرات العلمية عقدت المؤسسة 13 مؤتمرًا؛ 9 مؤتمرات دولية و3 مؤتمرات محلية، كما نظمت "المؤتمر الدولى للقبطيات" عام 2008م، وتم نشر جميع هذة المؤتمرات.
وأقامت المؤسسة مجموعة من ورش العمل المتخصصة تناولت الحياة اليومية والمرأة في العصر القبطي وتاريخ البطاركة ومصادر الطقس، هذا بالإضافة إلي تاريخ الفن القبطي.
وقدمت المؤسسة 16 قرصا مضغوطا مسجلا بها نحو40% من المخطوطات القبطية الموجودة بالخارج وتفضل مثلث الرحمات قداسة البابا شنودة الثالث بتقديمها كهدية رمزية إلى "مكتبة الإسكندرية" عند زيارته التاريخية الأولى لها في 23 فبراير 2003م.
