يعتبر الوقف فى الكنيسة الأرثوذكسية نظام قانونى له أصول ترجع إلى الشريعة الإسلامية، وله ما يقابله فى التشريعات الغربية.
وينظم الوقف فى مصر الآن القانون رقم 48 لسنة 1946، ويتمتع بحماية ورعاية دستورية بمقتضى نص المادة (90) من الدستور ومن أهم مزايا الوقف، هو أنه لا يجوز الاستلاء على العقارات الموقوفة أو تملكها بوضع اليد لمدة طويلة.
وحينما أنشئت المجالس الملية فى القرن الثامن عشر كان من أهم اختصاصاتها الإشراف على إدارة أوقاف الكنيسة والجهات التابعة لها كالمستشفيات والمدارس والملاجئ، غير أنها لم تحقق النجاح المرجو فى الإشراف على تلك الأوقاف.
وصدر قرار رئيس الجمهورية رقم 1433 لسنة 1960 بتشكيل أول مجلس إدارة للهيئة وتحدد اختصاصاتها وتنظيم شئونها، ومن أهم نصوص هذا القرار الجمهورى فى مادته الثانية على أن هيئة أوقاف الأقباط الأرثوذكس تختص بما يأتى:
1 - الإشراف على إدارة جميع الأوقاف من أطيان وعقارات ومحاسبة القائمين على إدارتها عن إراداتها ومصروفاتها، ولها من هذا السبيل أن تضع النظم التى تراها كفيلة بحسن إدارة الأوقاف وضبط حساباتها وصيانة أموالها واستغلالها فى أفضل الوجوه وحصر أملاكها وموجوداتها.
2 - إعداد الميزانية السنوية العامة لإيرادات ومصروفات الأوقاف.
3- توزيع ريع الأعيان الموقوفة على الجهات الموقوفة عليها بحسب احتياجاتها الحقيقية وما يكفل المحافظة على أغراضها الأصلية.
4 - توجيه الفائض بعد احتياجات الجهات الموقوفة عليها نحو مرافق الاصلاح او وجوه الاستغلال التي تراها.
5- تعيين وعزل القائمين على إدارة الأوقاف.
6 - ونصت مادته الثالثة بأن رئيس الهيئة هو الذي يمثلها قانوناً.
7 - وقضت مادته الخامسة بأن ينتخب مجلس الإدارة في اول انعقاد له وكيلاً وسكرتيراً.
8 - ونصت مادته السادسة على أن لا يتقاضى أعضاء مجلس الإدارة مكافأة او بدل حضور عن عملهم.
9 - وخلال المدة من عام 1960 تولى إدارة الهيئة خمسة مجالس إدارة.
10 - وصدر الأول بتشكيله قرار رئيس الجمهورية رقم 1433 لسنة 1960 والأخير صدر بتشكيله قرار رئيس الجمهورية رقم (198) لسنة 2019 بتاريخ 18/4/2019 وللهيئة لائحة داخلية ولائحة مالية.
وتتولى الهيئة الإشراف على إدارة (4667 فدان و 2 قيراط و 17 سهما) تقريباً للملوكة لعدد (337 وقف) وقف بخلاف أوقاف أخرى محل نزاع مع هيئة الأوقاف المصرية والعديد من العقارات المبنية ويقوم بذلك عدد (205) ناظر وقف ويعمل بها (11 موظفا).
وأصدر المجلس عدة قرارات تنظيمية تستهدف ضبط إدارة الأوقاف وإحكام الرقابة على أعمال النظار، فضلاً عن إشراك أصحاب النيافة المطارنة والأساقفة فى مراقبة أعمال النظار.
وهذه القرارات أهمها ما يلى:
1 - ألا يعين ناظر وقف إلا بعد موافقة المطران أو الأسقف المختص، مع الالتزام في اختيار المرشحين بما جاء بشروط الواقف.
2 - أن يكون تعيين الناظر لمدة ثلاث سنوات فقط قابلة للتجديد، مع سريان هذا الحكم على النظار الحاليين على ضوء حسن قيام كل منهم بأعماله.
3 - ألا يتم الموافقة على استبدال أي عقار موقوف إلا بعد أخذ رأي المطران أو الأسقف المختص. للتحقق من أن الإيبارشية في غير حاجة إلى هذا العقار ومدى ملائمة الثمن.
4 - أن القرارات التي تصدر بالتصريح لناظر وقف باستبدال عين من أعيان الوقف تسقط بمضي ستة أشهر على صدورها دون أن يتم تنفيذها.
5 - لا يعتمد حسابات ناظر الوقف فيما تتضمنه من صرف مبالغ للكنائس إلا بعد اعتمادها من المطران أو الأسقف المختص.
