واحدة من المسائل التى يثيرها معارضو اتفاقية "تعيين الحدود البحرية المصرية السعودية"، هو مسألة أحكام القضاء الإدارى، والمحكمة الإدارية العليا ببطلان الاتفاقية، لكن الحكومة ردت على هذه النقطة بالتفصيل فى التقرير الذى أصدرته، للرد على هذه الشبهات.
الحكومة قالت فى تقريرها، إن سيادة القانون واحترام القضاء من المبادئ الأولية للدول، وسيادة القانون جعلت مبدأ تعدد القضاء (الإدارى، الدستورى، الجنائى)، وكذلك كفلت الطعن أمام المحاكم.
وأكدت الحكومة إن محكمة القضاء الإدارى جانبها الصواب، وجاء حكمها مخالفا للقانون، حيث إنها غير مختصة للتصدى لأعمال السيادة ومنها المعاهدات الدولية، معتبرة أن القضاء الإدارى كان عليه منذ البداية أن يقضى بعدم اختصاصه بالنظر فى الدعوى.
الحكومة أيضا فى تقريرها اعتبرت أن القضاء فى مصر إن جاز له الرقابة فلا يراقب إلا سلامة الإجراءات والشكليات التى قامت بها الحكومة حين تفاوضت ووقعت الاتفاقية.
