يوسف زيدان أصبح شخصية جدلية تلاحقه العدد من الاتهامات التى مفادها التطبيع مع العدو الإسرائيلى وذلك بسبب تصريحاته المثيرة عن القدس وترجمة روايته إلى العبرية، ولعل آخر هذه الاتهامات هجوم الكاتب والروائى الكبير، يوسف القعيد، العضو بمجلس النواب، ضده قائلا: "لا أدرى إذا ما كان مشروعه يغازل الغرب أم الصهونية أم يرى أن الطريق لنوبل يبدأ بتل أبيب وأرى أنه وهم فى عقله.. فهو يغازل الغرب لجائزة نوبل".
وقال يوسف زيدان، فى سلسلة من التصريحات، إن الله تعالى قصد بالآية القرآنية الكريمة "ادخلوا مصر إن شاء الله آمنين"، فالله قصد بها "اليهود" وليس كل البشر، مضيفا أن هناك عدم وعى مجتمعى بالتحولات الدلالية فى اللغة، ومطالباً بتدويل مدينة القدس، معتبراً أن الحضارة المصرية صنعت خلال 500 سنة فقط وليس 7 آلاف سنة كما يقال، وجاء ذلك خلال لقائه ببرنامج لازم نفهم مع الإعلامى مجدى الجلاد.
وحول ترجمة روايته "عزازيل" إلى العبرية، أكد الكاتب الدكتور يوسف زيدان، فى تصريحات سابقة لــ"اليوم السابع" أنه يعلم جيدًا سواءً قبل أو رفض ترجمة الرواية فإن اليهود لن يمنعهم شىء من ترجمة الرواية ولهذا "خليهم يقرووا".
أما فيما يخص المسجد الأقصى، قال يوسف زيدان إن المسجد الموجود فى مدينة القدس، ليس هو المسجد الأقصى المذكور فى القرآن الكريم، وأن المسجد الحقيقى هو الموجود فى الطائف، مشيرًا إلى أن المسجد الأقصى بناه عبد الملك بن مروان فى العصر الأموى، وأكد أن الصراع على المسجد الأقصى لعبة سياسية صنعها عبد الملك بن مروان، ولا يوجد مبرر للصراع على المسجد من الناحية العربية أو الإسرائيلية، وهذا المسجد ليس له أى قدسية.
أما بخصوص الإسراء والمعراج، قال الدكتور يوسف زيدان، إنه لا وجود لمعجزة الإسراء والمعراج بالمفهوم الدارج اليوم، معتبرا أن المسجد الأقصى ليس القائم فى فلسطين الآن، ولا يمكن أن يكون كذلك، وليس أحد القبلتين، مضيفا "سيدنا محمد اتجه حينما فرضت الصلاة مثلما اتجه اليهود إلى الشمال، فى نيته ليثرب، حتى نزلت الآية، "قد نرى تقلب وجهك فى السماء فلنولينك قبلة ترضاها"، ليتحول من الشمال إلى الجنوب وأصبحت الصلاة تجاه الكعبة فى وقت ما كانت الكعبة بها أصنام.
