بنى مسجد الحسين فى عهد الفاطميين، وتحديدًا عام 549 هجرية، الموافق 1154 ميلادية، وأشرف على البناء الوزير الصالح طلائع، ونسب إلى سيدنا الحسين، وفقًا لعدد من الروايات التى ذكرت أنه مع بداية الحروب الصليبية خاف الخليفة الفاطمى على رأس سيد شباب أهل الجنة من الأذى فى مكانها فى مدينة عسقلان بفلسطين، وأمر بإحضار الرأس لمصر حيث دفنت فى مكان المقام الحالى للإمام داخل حرم مسجده. المسجد الشريف بنى بالحجر الأحمر، بينما بنيت منارته التى تقع فى الركن الغربى القبلى على نمط المآذن العثمانية المميزة بالشكل الأسطوانى، دورتين وفى نهايتها مخروط، بعكس باقى المسجد المبنى على الطراز الغوطى والفاطمى.
يضم المسجد ثلاثة أبواب من الجهة الغربية، وبابًا من الجهة القبلية، وبابًا من الجهة البحرية، وبنيت ثلاثة من أبوابه باستخدام الرخام، بينما بنى محرابه من قطع صغيرة من القيشانى الملون بدلًا من الرخام.
مسجد الإمام الحسين هو قبلة للمسلمين من شتى أنحاء الأرض، والذين يأتون إلى أرض المحروسة للصلاة فى رحاب الإمام الثائر، وعلى أصوات مجموعة كبيرة من أشهر أئمة ومقرئى العالم الإسلامى الذين وقفوا فى محراب المسجد.
